Mặc dù nước dừa tươi có nhiều lợi ích cho sức khỏe, nhưng việc lạm dụng hoặc sử dụng không đúng cách có thể gây ra một số tác hại nhất định. Đầu tiên, nước dừa chứa hàm lượng kali khá cao, nếu uống quá nhiều có nguy cơ tăng kali máu ở người có chức năng thận yếu, dẫn đến các biến chứng về tim mạch như rối loạn nhịp tim, đau đầu hay thậm chí ngừng tim. Những người đang mắc bệnh suy thận cần hạn chế sử dụng thức uống này để tránh làm tăng gánh nặng cho cơ quan bài tiết. Ngoài ra, đối với trẻ nhỏ dưới sáu tháng tuổi hay phụ nữ mang thai trong tam cá nguyệt đầu tiên, uống nước dừa tươi có thể gây rối loạn tiêu hóa, thậm chí ảnh hưởng tới sự phát triển của thai nhi nếu uống số lượng lớn.

Bên cạnh đó, nước dừa tươi có thể gây cảm giác lạnh bụng và khó tiêu, đặc biệt là khi uống vào buổi tối hoặc lúc cơ thể mệt mỏi. Trong y học cổ truyền, nước dừa được xem như một loại đồ uống có tính hàn, khiến những người bị cảm lạnh, huyết áp thấp hoặc đang sốt nên hạn chế sử dụng để tránh làm tình trạng bệnh thêm nghiêm trọng. Ngoài ra, việc tiêu thụ nước dừa khi vận động mạnh hoặc sau khi vừa ăn no có thể làm tăng nguy cơ đầy hơi, khó chịu và mất cân bằng điện giải trong cơ thể. Vì những lý do trên, việc uống nước dừa cần được cân nhắc kỹ càng về liều lượng và thời điểm sao cho phù hợp với cơ thể từng người.