Kích thước lỗ sáo trúc đóng vai trò rất quan trọng trong việc tạo nên âm sắc và âm lượng của cây sáo. Thông thường, một cây sáo trúc truyền thống của Việt Nam có đường kính khoảng 1,5 - 2 centimét và chiều dài từ 40 đến 55 centimét tùy thuộc vào từng loại sáo cũng như sở thích của người làm. Lỗ thổi, còn gọi là môi, rộng khoảng 9 - 11 milimét; đây là nơi ảnh hưởng lớn đến âm thanh của sáo. Ngoài ra, các lỗ bấm sẽ được khoan cách đều nhau, thường có từ 6 đến 10 lỗ tuỳ vào thiết kế, và mỗi lỗ đường kính trung bình khoảng 7 - 9 milimét. Khoảng cách giữa các lỗ này thường dao động từ 1,2 đến 2,5 centimét giúp người chơi có thể dễ dàng chạm tới với ngón tay.

Việc xác định đúng kích thước cho từng lỗ trên cây sáo đòi hỏi sự tính toán cẩn thận dựa trên chiều dài tổng thể của sáo cũng như tiêu chuẩn nhạc lý. Nếu lỗ thổi quá to hoặc quá nhỏ so với tổng thể cây sáo, âm thanh phát ra có thể bị méo tiếng hoặc khó kiểm soát cao độ. Từng lỗ bấm cũng phải được khoan ở vị trí và kích cỡ hợp lý nhằm bảo đảm khi ngón tay bịt kín lỗ, hơi không bị thoát ra, từ đó phát ra nốt nhạc đúng tông và sắc thái. Do đó, việc đo đạc, đánh dấu và khoan lỗ đòi hỏi người làm sáo phải có tay nghề nhất định và sự kiên nhẫn cao.

Ngoài yếu tố kỹ thuật, kích thước lỗ sáo trúc cũng cần lưu ý đến cảm giác tiện lợi khi sử dụng. Những cây sáo dành cho trẻ em hay người mới học thường sử dụng thân nhỏ, lỗ bấm vừa phải để dễ điều khiển. Ngược lại, những nghệ nhân chuyên nghiệp có thể chọn sáo với lỗ thổi và các lỗ bấm lớn hơn để tăng âm lượng và tạo sắc thái phong phú hơn. Việc điều chỉnh kích thước lỗ đáy (lỗ thoát khí cuối thân sáo) cũng ảnh hưởng đến độ vang và sâu của tiếng sáo. Nhìn chung, kích thước lỗ sáo trúc là yếu tố quyết định chất lượng và bản sắc độc đáo cho mỗi cây sáo, góp phần tạo nên nghệ thuật biểu diễn phong phú trong âm nhạc dân tộc Việt Nam.