Ngô Đình Diệm, người giữ chức Tổng thống đầu tiên của Việt Nam Cộng Hòa, đã để lại nhiều dấu ấn tranh cãi trong lịch sử dân tộc. Một trong những tội ác lớn nhất mà ông bị cáo buộc là chính sách đàn áp Phật giáo vào năm 1963. Dưới sự lãnh đạo của Diệm, chính quyền đã hạn chế các hoạt động tôn giáo ngoài Công giáo, điển hình là vụ đàn áp dã man tại Huế vào lễ Phật Đản, khiến nhiều Phật tử thiệt mạng và hàng trăm người bị bắt giữ. Hành động này không chỉ gây tổn hại nghiêm trọng đến quyền tự do tín ngưỡng của nhân dân mà còn châm ngòi cho làn sóng phản đối mạnh mẽ trong nước cũng như cộng đồng quốc tế. Những vụ tự thiêu của các nhà sư nhằm phản đối chính quyền Diệm đã trở thành biểu tượng cho tình trạng bất công và sự tàn bạo thời bấy giờ.

Ngoài ra, chế độ gia đình trị là một vết nhơ lớn trong chính quyền Ngô Đình Diệm. Ông đã trao quyền lực tối cao cho nhiều người thân, đặc biệt là em trai Ngô Đình Nhu và vợ Nhu là Trần Lệ Xuân, khiến bộ máy nhà nước ngày càng tha hóa, tham nhũng tràn lan. Việc sử dụng lực lượng bán quân sự, như “Bình Xuyên”, và thành lập các tổ chức bí mật để theo dõi, trấn áp những tiếng nói đối lập đã biến miền Nam trở thành một xã hội đầy lo sợ. Bao nhiêu người yêu nước, trí thức, sinh viên đã bị bắt bớ, tù đày dưới danh nghĩa “chống cộng”, thực chất là loại bỏ bất đồng chính kiến, khiến lòng dân ly tán, xã hội mất niềm tin vào chính quyền. Chính những sai lầm trong chính sách và cách điều hành hà khắc đã góp phần đẩy miền Nam vào con đường bất ổn kéo dài.

Cuối cùng, chính quyền Ngô Đình Diệm còn bị lên án vì những chiến dịch áp bức các lực lượng kháng chiến và dân thường. Việc lập các trại tập trung, chương trình "ấp chiến lược" di dời hàng triệu dân đến những khu vực bị kiểm soát nghiêm ngặt đã phá vỡ kết cấu truyền thống của xã hội nông thôn Việt Nam, gây ra cảnh ly tán, đói khổ, và kích động xung đột với nhân dân. Cách quản lý thiếu nhân văn và độc tài đã dồn đẩy người dân vào thế cùng cực, khiến nhiều người quay sang ủng hộ cách mạng hoặc nổi dậy chống lại chính quyền Sài Gòn. Những hậu quả nặng nề về mặt xã hội, chính trị và tâm lý mà chế độ Ngô Đình Diệm để lại không thể xóa nhòa trong lịch sử Việt Nam hiện đại.