Sở Y tế Phú Yên là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên, chịu trách nhiệm tham mưu và giúp UBND tỉnh quản lý nhà nước về lĩnh vực y tế trên địa bàn tỉnh. Sở có nhiệm vụ xây dựng kế hoạch phát triển ngành y tế, ban hành các văn bản chỉ đạo, hướng dẫn thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống dịch bệnh, bảo đảm an toàn thực phẩm, vệ sinh môi trường và chăm sóc sức khỏe cộng đồng. Ngoài ra, Sở Y tế còn phối hợp với các bộ phận chức năng khác để nâng cao công tác khám chữa bệnh, quản lý dược phẩm, vật tư y tế và phát triển mạng lưới y tế cơ sở đáp ứng nhu cầu người dân trong tỉnh.

Trong những năm gần đây, Sở Y tế Phú Yên đã tích cực ứng dụng khoa học công nghệ vào hoạt động quản lý, khám chữa bệnh và phòng chống dịch, đặc biệt là trong thời gian diễn ra đại dịch COVID-19. Sở chú trọng đầu tư trang thiết bị hiện đại cho các bệnh viện tuyến tỉnh, huyện, đồng thời tổ chức các khóa đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ cho đội ngũ cán bộ, y bác sĩ để nâng cao chất lượng phục vụ người bệnh. Công tác tuyên truyền, giáo dục sức khỏe cũng được Sở tăng cường, góp phần nâng cao nhận thức cộng đồng về phòng tránh bệnh tật, bảo vệ và chăm sóc sức khỏe.

Bên cạnh đó, Sở Y tế Phú Yên còn đẩy mạnh hoạt động hợp tác quốc tế, kêu gọi đầu tư từ các tổ chức phi chính phủ nhằm hỗ trợ nguồn lực và kỹ thuật trong lĩnh vực y tế. Các chương trình dự án như tiêm chủng mở rộng, phòng chống sốt xuất huyết, HIV/AIDS, và chăm sóc sức khỏe sinh sản cũng được Sở triển khai hiệu quả, đem lại lợi ích thiết thực cho người dân. Nhờ sự nỗ lực và phối hợp giữa các ban ngành, hệ thống y tế Phú Yên ngày càng được củng cố, góp phần bảo đảm an sinh xã hội và nâng cao chất lượng cuộc sống của nhân dân trên địa bàn tỉnh.