Cây tiến hoá là một công cụ quan trọng trong sinh học, giúp hình dung mối quan hệ tiến hoá giữa các loài sinh vật dựa trên các đặc điểm di truyền và hình thái. Cụ thể, cây tiến hoá mô phỏng quá trình phân nhánh của các loài từ tổ tiên chung, qua đó minh hoạ cách các loài mới xuất hiện và phát triển theo thời gian. Thông qua các nghiên cứu về DNA, gene, cũng như các đặc tính hình thái học, các nhà khoa học có thể xây dựng những cây tiến hoá ngày càng chính xác, giải thích cho sự đa dạng sinh học trên trái đất hiện nay.

Bên cạnh đó, cây tiến hoá còn đóng vai trò trọng yếu trong việc dự đoán các đặc tính hoặc chuỗi gen của các loài chưa được nghiên cứu sâu, dựa trên mối liên hệ gần với các nhóm đã biết. Nhờ đó, cây tiến hoá trở thành nền tảng vững chắc cho các nghiên cứu về di truyền, tiến hoá, y học, và cả lĩnh vực bảo tồn sinh vật. Việc hiểu rõ cây tiến hoá hỗ trợ các nhà khoa học trong việc truy xuất nguồn gốc bệnh tật, phân loại các chủng vi khuẩn, hoặc lựa chọn các biện pháp bảo tồn phù hợp đối với các loài đang nguy cấp.

Không chỉ mang ý nghĩa chuyên môn, kiến thức về cây tiến hoá còn góp phần truyền cảm hứng cho nhân loại về vai trò của sự tiến hoá trong cuộc sống. Nó giúp con người nhìn nhận sự liên kết giữa tất cả các loài sinh vật, đồng thời nhấn mạnh tầm quan trọng của việc bảo vệ đa dạng sinh học vì tất cả đều có chung nguồn gốc. Những khám phá mới về cây tiến hoá tiếp tục thúc đẩy các cuộc đối thoại khoa học, đặt ra những câu hỏi lớn về quá khứ, hiện tại và tương lai của sự sống trên hành tinh này.