Trong năm học 2021-2022, mức học phí của Trường Đại học Y Dược Cần Thơ có sự điều chỉnh theo quy định của Chính phủ về khung học phí các trường công lập. Cụ thể, đối với ngành Y khoa, học phí nằm trong khoảng từ 24 đến 28 triệu đồng mỗi năm học, tùy thuộc vào từng chuyên ngành và chương trình đào tạo. Các ngành như Dược học, Răng - Hàm - Mặt cũng có mức học phí tương tự hoặc cao hơn nhẹ, dao động từ 26 đến 29 triệu đồng mỗi năm. Đối với các ngành khác như Điều dưỡng, Y học dự phòng, Kỹ thuật xét nghiệm y học, mức học phí thấp hơn, khoảng 18-21 triệu đồng mỗi năm học.

Học phí được đóng thành từng đợt, thường chia thành 2 học kỳ trong năm. Nhà trường cũng có nhiều chính sách hỗ trợ cho học sinh, sinh viên có hoàn cảnh khó khăn thông qua các chương trình miễn giảm học phí hoặc xét cấp học bổng. Ngoài các khoản học phí, sinh viên còn cần chuẩn bị thêm một số chi phí như lệ phí thi lại nếu vượt quá số lần quy định, chi phí thực tập tại bệnh viện và chi phí tài liệu học tập. Những khoản này thường không quá lớn nhưng vẫn cần cân nhắc khi lập kế hoạch tài chính cho bản thân.

Để tạo điều kiện thuận lợi cho sinh viên, Đại học Y Dược Cần Thơ luôn công khai minh bạch về học phí trước mỗi năm học, giúp sinh viên chủ động tính toán và lựa chọn ngành học phù hợp với khả năng tài chính. Ngoài ra, nhà trường phối hợp với nhiều tổ chức xã hội, quỹ khuyến học nhằm hỗ trợ sinh viên vùng sâu vùng xa hoặc thuộc diện chính sách. Chính sách học phí linh hoạt này đã góp phần giúp nhiều sinh viên vượt qua khó khăn, chuyên tâm học tập và phát triển bản thân trong môi trường đào tạo chất lượng hàng đầu khu vực Tây Nam Bộ.