Cơ chế lãnh đạo của Đảng đối với quân đội là một nguyên tắc bất di bất dịch trong xây dựng và bảo vệ tổ chức Quân đội nhân dân Việt Nam. Đảng Cộng sản Việt Nam giữ vai trò lãnh đạo tuyệt đối, trực tiếp về mọi mặt đối với quân đội thông qua hệ thống tổ chức đảng trong quân đội, các văn bản chỉ thị, nghị quyết và đội ngũ cán bộ đảng viên giữ các vị trí chủ chốt. Sự lãnh đạo này đảm bảo quân đội luôn trung thành với mục tiêu, lý tưởng cách mạng của Đảng, đặt lợi ích quốc gia, dân tộc lên trên hết và không bị các thế lực thù địch lôi kéo, mua chuộc. Thông qua công tác giáo dục chính trị, tư tưởng và công tác tổ chức cán bộ, Đảng bảo đảm sức mạnh ý chí và tính tổ chức, kỷ luật chặt chẽ cho toàn quân.

Một điểm nổi bật của cơ chế này là sự phối hợp mật thiết giữa cấp ủy các cấp và chỉ huy quân đội trong việc ban hành, triển khai thực hiện các chủ trương, nghị quyết quan trọng của Đảng liên quan đến nhiệm vụ chính trị, quốc phòng và an ninh. Các tổ chức đảng trong quân đội giữ vai trò hạt nhân chính trị; các cấp ủy, chi bộ có trách nhiệm định hướng hoạt động của đơn vị, kiểm tra giám sát thực hiện nhiệm vụ, giáo dục nâng cao bản lĩnh chính trị cho cán bộ, chiến sĩ. Cơ chế này được cụ thể hóa qua quy chế làm việc, quy trình lãnh đạo - chỉ huy, bảo đảm mọi quyết định chiến lược lớn đều xuất phát từ ý chí lãnh đạo của Đảng, đồng thời phát huy tính chủ động, sáng tạo của cơ quan chỉ huy quân sự trong quản lý điều hành đơn vị.