Viện pháp y quân đội đóng vai trò quan trọng trong lĩnh vực bảo đảm sức khỏe cho quân đội, không chỉ ở thời bình mà còn trong các tình huống chiến tranh và thảm họa. Các hoạt động của viện bao gồm nghiên cứu y học quân sự, khám chữa bệnh, phòng dịch, và nâng cao khả năng chống chịu với các yếu tố độc hại môi trường, sinh học hoặc hóa học. Ngoài ra, viện còn hợp tác với các đơn vị y tế dân sự nhằm chuyển giao công nghệ và cải tiến quy trình điều trị, đảm bảo mọi quân nhân đều được chăm sóc y tế toàn diện. Việc đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn cho các cán bộ y tế quân đội cũng là một nhiệm vụ trọng tâm để củng cố nguồn lực chất lượng cao phục vụ sẵn sàng chiến đấu.

Bên cạnh công tác chuyên môn, viện pháp y quân đội còn tích cực tham gia công trình nghiên cứu về chấn thương chiến trường, thực hiện nhận dạng, giám định pháp y để hỗ trợ điều tra các vụ án hình sự liên quan đến quân nhân hoặc cơ sở quân sự. Những nghiên cứu này giúp hoàn thiện quy trình cấp cứu, hồi sức và bảo tồn sự sống trong điều kiện khắc nghiệt, giảm thiểu thương vong và tổn thất. Viện đồng thời thực hiện các chương trình tuyên truyền giáo dục phòng chống bệnh truyền nhiễm, quản lý hồ sơ sức khỏe quân nhân, và xây dựng mô hình theo dõi dài hạn, từ đó nâng cao ý thức tự bảo vệ bản thân của cán bộ, chiến sĩ trong toàn quân.

Viện pháp y quân đội giữ vai trò đầu mối phối hợp quốc tế với các tổ chức y tế quân sự và dân sự nước ngoài, trao đổi kinh nghiệm, tiếp nhận kỹ thuật mới như xét nghiệm ADN, pháp y hình ảnh hay ứng dụng trí tuệ nhân tạo trong xử lý dữ liệu y sinh học. Nhờ vậy, năng lực khoa học công nghệ và khả năng ứng phó với sự cố y tế công cộng ngày càng được nâng cao. Công tác pháp y nói riêng và y học quân sự nói chung đã góp phần bảo vệ quyền lợi hợp pháp của quân nhân, tăng cường tiềm lực quốc phòng và thúc đẩy sự phát triển bền vững toàn diện của ngành quân y Việt Nam trước những thử thách thời đại mới.