Cơ cấu tổ chức của Chính phủ Việt Nam được xây dựng theo nguyên tắc hệ thống hành pháp tập quyền, tập trung, đảm bảo sự chỉ đạo thống nhất trong quản lý Nhà nước. Đứng đầu Chính phủ là Thủ tướng Chính phủ, người chịu trách nhiệm lãnh đạo hoạt động của toàn bộ bộ máy hành chính Trung ương; kế tiếp là các Phó Thủ tướng giúp Thủ tướng điều hành công việc và phụ trách từng lĩnh vực cụ thể. Dưới sự chỉ đạo của Thủ tướng là hệ thống các Bộ, cơ quan ngang bộ chịu trách nhiệm quản lý Nhà nước đối với từng ngành, lĩnh vực trên phạm vi cả nước như Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Công an, Bộ Tài chính, Bộ Ngoại giao, v.v.

Bên cạnh các Bộ, còn có các cơ quan thuộc Chính phủ như Văn phòng Chính phủ, Thanh tra Chính phủ và một số cơ quan chuyên trách khác. Các cơ quan này có chức năng hỗ trợ, phối hợp và tư vấn cho Thủ tướng, các Phó Thủ tướng trong quá trình điều hành công việc của Chính phủ. Ngoài ra, dưới hệ thống bộ máy Trung ương, các Sở, Ban, Ngành tương ứng tại địa phương cũng góp phần thực hiện chức năng quản lý Nhà nước ở cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, đảm bảo sự liên kết và thông suốt giữa bộ máy hành pháp từ Trung ương đến địa phương theo tinh thần phục vụ nhân dân, vì lợi ích quốc gia.