Ngày 13 tháng 6, dự báo thời tiết trên cả nước tiếp tục chịu ảnh hưởng của rãnh áp thấp kết hợp với gió mùa Tây Nam hoạt động mạnh. Khu vực Bắc Bộ có mưa rào và dông rải rác, cục bộ có nơi mưa vừa, mưa to, đặc biệt vào chiều tối và đêm. Ban ngày, trời nắng nhẹ, nhiệt độ cao nhất phổ biến từ 31 đến 34 độ C. Mưa lớn tập trung chủ yếu ở vùng núi và trung du, đề phòng nguy cơ xảy ra lũ quét, sạt lở đất tại các tỉnh như Lào Cai, Yên Bái, Hà Giang. Khu vực đồng bằng, gồm cả Hà Nội, duy trì thời tiết oi nóng, độ ẩm tương đối cao.

Tại miền Trung, các tỉnh từ Thanh Hóa đến Thừa Thiên Huế tiếp tục cảm nhận nắng nóng gay gắt, nhiệt độ cao nhất dao động từ 35 đến 38 độ C, có nơi trên 39 độ C. Trời nắng từ sáng sớm đến chiều tối, ít mưa, chỉ xuất hiện mưa rào và giông vài nơi vào cuối ngày, đặc biệt ở khu vực ven biển và vùng núi phía Tây. Độ ẩm giảm thấp, không khí khô hanh, người dân cần đề phòng cháy nổ và tác động tiêu cực tới sức khỏe do nắng nóng kéo dài. Vùng từ Đà Nẵng trở vào đến Bình Thuận, thời tiết ổn định hơn, trời nắng gián đoạn, chiều tối có thể có mưa rào cục bộ.

Khu vực Tây Nguyên và Nam Bộ trong ngày 13 tháng 6 chịu ảnh hưởng mạnh của gió mùa Tây Nam, mang theo nhiều mây đối lưu và độ ẩm cao. Ban ngày ở đây trời nắng xen kẽ, nhưng từ trưa đến tối, mưa rào và dông xảy ra trên diện rộng, có nơi xuất hiện mưa vừa, mưa to, kèm theo nguy cơ lốc, sét và gió giật mạnh. Nhiệt độ tại Tây Nguyên dao động từ 26 đến 30 độ C, còn khu vực Nam Bộ cao hơn, khoảng từ 30 đến 33 độ C. Mưa về chiều giúp giảm nhiệt, nhưng cũng gây khó khăn cho việc đi lại và sản xuất nông nghiệp của người dân địa phương.