Theo quy định tại Điều 3 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP về thu tiền sử dụng đất, khi Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất hoặc công nhận quyền sử dụng đất thì người sử dụng đất sẽ được trừ một số khoản chi phí hợp pháp vào số tiền sử dụng đất phải nộp. Cụ thể, các khoản này bao gồm chi phí đầu tư vào đất như: chi phí giải phóng mặt bằng, chi phí san lấp mặt bằng, chi phí xây dựng các công trình hạ tầng kỹ thuật đã đầu tư trên đất (như hệ thống cấp thoát nước, đường nội bộ, điện chiếu sáng…), chi phí chuyển giao công nghệ, khảo sát và thiết kế liên quan trực tiếp đến việc sử dụng đất. Việc xác định mức các khoản được trừ phải có hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật về tài chính và đất đai.

Việc trừ các khoản chi phí này nhằm đảm bảo quyền lợi cho người sử dụng đất, giảm thiểu gánh nặng tài chính khi thực hiện nghĩa vụ với Nhà nước. Các cá nhân, tổ chức khi thực hiện nghĩa vụ nộp tiền sử dụng đất cần làm hồ sơ chứng minh các khoản chi phí đã chi trả, cung cấp đầy đủ tài liệu, hóa đơn hợp pháp để được cơ quan chức năng xem xét, thẩm định và quyết định số tiền thực tế được trừ vào tiền sử dụng đất. Trình tự, thủ tục thực hiện việc trừ các khoản này cũng tuân theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế và Văn phòng Đăng ký đất đai địa phương, đảm bảo minh bạch và tuân thủ đúng các quy định pháp luật hiện hành.

Các khoản được trừ vào tiền sử dụng đất không chỉ góp phần khuyến khích đầu tư phát triển hạ tầng, mà còn hỗ trợ các dự án xã hội hoá, dự án tái định cư, khu đô thị mới… thực hiện đúng cam kết đầu tư ban đầu. Tuy nhiên, việc xác định đúng, đầy đủ và hợp pháp các khoản chi phí này rất quan trọng, nếu không đúng quy định sẽ không được chấp nhận trừ vào tiền sử dụng đất hoặc có thể phát sinh trách nhiệm về thuế. Vì vậy, các chủ đầu tư, người sử dụng đất nên chủ động tìm hiểu kỹ các quy định pháp luật liên quan, phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chuyên môn để đảm bảo quyền lợi của mình khi thực hiện nghĩa vụ tài chính với Nhà nước.