Theo quy định mới nhất về bầu cử trưởng thôn, các bước tổ chức phải đảm bảo công khai, minh bạch và dân chủ. Trước khi tiến hành bầu cử, Ban bầu cử thôn sẽ phối hợp cùng chính quyền địa phương thông báo rộng rãi về thời gian, địa điểm và thể lệ bầu cử để toàn thể nhân dân trong thôn biết và tham gia. Danh sách cử tri đủ điều kiện bầu cử được xác lập dựa trên hộ khẩu thường trú tại thôn, kiểm tra kỹ lưỡng để đảm bảo mỗi người dân đều có quyền và nghĩa vụ thực hiện việc bỏ phiếu. Việc niêm yết danh sách ứng cử viên trưởng thôn cũng được thực hiện đầy đủ, rõ ràng trước ngày đại hội.

Ứng cử viên trưởng thôn phải đáp ứng các tiêu chuẩn như có hộ khẩu trong thôn, có phẩm chất đạo đức tốt, năng lực lãnh đạo và được sự tín nhiệm của đa số nhân dân. Việc giới thiệu người ứng cử được thực hiện dân chủ từ các tổ chức đoàn thể hoặc trực tiếp từ các hộ dân trong thôn. Trước ngày bầu cử, Ban bầu cử thôn sẽ tạo điều kiện cho các ứng viên trình bày chương trình hành động, để người dân hiểu rõ hơn về năng lực, ý tưởng phát triển thôn. Điều này giúp cử tri có đủ thông tin để sáng suốt lựa chọn nhân sự phù hợp.

Quá trình bầu cử trưởng thôn diễn ra theo nguyên tắc bỏ phiếu kín để đảm bảo quyền riêng tư của cử tri. Lễ bầu cử được tổ chức nghiêm túc dưới sự giám sát của tổ công tác, nhằm phòng ngừa mọi hành vi gian lận hoặc sai phạm. Sau khi kết thúc khoảng thời gian bỏ phiếu, Ban bầu cử tiến hành kiểm phiếu công khai, thông báo kết quả trực tiếp tại khu vực bầu cử. Người trúng cử là người nhận được số phiếu hợp lệ cao nhất và vượt qua ngưỡng tối thiểu so với tổng số cử tri tham gia. Kết quả bầu cử sẽ được báo cáo lên chính quyền cấp xã, công nhận chức vụ trưởng thôn mới và công bố công khai đến toàn thể nhân dân trong thôn.