Mạng lưới các trạm thu phí trên cả nước Việt Nam được bố trí trải dài khắp các tuyến quốc lộ huyết mạch, các tuyến cao tốc cũng như các tuyến đường địa phương quan trọng nhằm phục vụ công tác bảo trì, quản lý và nâng cấp cơ sở hạ tầng giao thông. Ở khu vực phía Bắc, các trạm thu phí nổi bật có thể kể đến như trạm Pháp Vân – Cầu Giẽ trên cao tốc Hà Nội – Ninh Bình, trạm Bắc Thăng Long – Nội Bài trên Quốc lộ 2, trạm cầu Thanh Trì, hay trạm Quốc lộ 5 đoạn qua Hưng Yên, Hải Dương. Các tỉnh trung du và miền núi phía Bắc cũng xuất hiện những trạm như cao tốc Nội Bài – Lào Cai với các điểm thu phí ở Vĩnh Yên, Phù Ninh, IC11, Cam Đường,…

Tại miền Trung – Tây Nguyên, các trạm thu phí được xây dựng trên các tuyến quốc lộ 1A, cao tốc Đà Nẵng – Quảng Ngãi, QL14 qua Tây Nguyên, đường tránh TP Vinh, trạm thu phí trên cầu Bến Thủy, cầu Cửa Hội nối Nghệ An – Hà Tĩnh… Ngoài ra, hệ thống trạm thu phí trên QL19 qua Gia Lai, Bình Định phục vụ việc vận chuyển hàng hóa, nông sản giữa các vùng. Riêng ở các đô thị lớn như Đà Nẵng, Huế còn có các trạm BOT phục vụ việc duy tu đường đô thị, đường tránh thành phố.

Khu vực phía Nam, đặc biệt là đồng bằng sông Cửu Long và vùng kinh tế trọng điểm phía Nam, có hệ thống trạm thu phí dày đặc. Có thể kể đến các trạm như cao tốc TP.HCM – Long Thành – Dầu Giây, cao tốc Trung Lương – Mỹ Thuận, BOT An Sương – An Lạc trên QL1, cầu Rạch Miễu, cầu Cần Thơ, trạm Tân Đệ ở Tiền Giang, các trạm thu phí tại khu vực Long An, Bến Lức, Vĩnh Long, Cần Thơ, Sóc Trăng, Trà Vinh,… Giao thông cửa ngõ ra vào TP.HCM và các tỉnh lân cận cũng có nhiều trạm BOT như trạm cầu Đồng Nai, cầu Bình Phước, Xa lộ Hà Nội giúp kiểm soát và đảm bảo nguồn thu cho việc phát triển hạ tầng của vùng năng động này.