An ninh hàng không là một lĩnh vực quan trọng, chịu sự quản lý trực tiếp của Bộ Giao thông vận tải. Trong hệ thống chính quyền Việt Nam, an ninh hàng không không chỉ đơn thuần là việc kiểm soát, giám sát tại các cảng hàng không mà còn bao gồm nhiều vấn đề liên quan đến bảo đảm an toàn cho hành khách, nhân viên và tài sản liên quan đến hoạt động hàng không dân dụng. Bộ Giao thông vận tải, thông qua Cục Hàng không Việt Nam, ban hành các văn bản quy phạm pháp luật, tổ chức, chỉ đạo và kiểm tra việc thực hiện các tiêu chuẩn về an ninh hàng không trên phạm vi toàn quốc. Sự phối hợp giữa các đơn vị thuộc Bộ này với các cơ quan chức năng khác như Bộ Công an, Bộ Quốc phòng cũng góp phần bảo vệ vững chắc an ninh trong lĩnh vực hàng không.

Về mặt tổ chức, các lực lượng an ninh hàng không hoạt động dưới sự hướng dẫn và giám sát của Bộ Giao thông vận tải, đặc biệt là tại các cảng hàng không quốc tế và nội địa lớn. Nhiệm vụ chủ yếu của họ bao gồm kiểm tra hành khách, hành lý, hàng hóa trước khi lên máy bay, giám sát khu vực hạn chế, điều tra các vụ việc nghi ngờ xâm phạm an ninh hàng không và phối hợp xử lý các tình huống phát sinh. Ngoài ra, Bộ Giao thông vận tải còn chịu trách nhiệm xây dựng, triển khai các dự án nâng cấp hạ tầng và trang thiết bị an ninh, đảm bảo mỗi chuyến bay đều được kiểm soát chặt chẽ, từ đó giúp tăng cường niềm tin của người dân và du khách quốc tế khi sử dụng dịch vụ hàng không tại Việt Nam.

Bên cạnh vai trò chính của Bộ Giao thông vận tải, công tác an ninh hàng không còn nhận được sự hỗ trợ của các bộ ngành liên quan như Bộ Công an trong việc xử lý tội phạm, điều tra phá hoại hoặc hành vi đe dọa an ninh quốc gia trong lĩnh vực hàng không. Sự phối hợp liên ngành này giúp hoàn thiện hệ thống pháp lý và kỹ thuật, đảm bảo mọi rủi ro an ninh đều được nhận diện, ngăn chặn kịp thời. Như vậy, mặc dù có sự hỗ trợ của nhiều ngành, nhưng an ninh hàng không ở Việt Nam vẫn chủ yếu thuộc phạm vi chức năng, nhiệm vụ quản lý của Bộ Giao thông vận tải.