Phó Tư lệnh Cảnh sát biển là một trong những chức vụ quan trọng, giữ vai trò hỗ trợ và thay mặt Tư lệnh chỉ huy, lãnh đạo toàn diện lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam trong thực hiện nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, an ninh trật tự an toàn biển đảo của đất nước. Người đảm nhận vị trí này thường là sĩ quan cấp cao có phẩm chất chính trị vững vàng, kinh nghiệm dày dạn trong công tác chỉ huy, quản lý và xây dựng lực lượng. Trách nhiệm của Phó Tư lệnh không chỉ dừng lại ở công tác chuyên môn mà còn phải trực tiếp tham gia công tác giáo dục tư tưởng chính trị, xây dựng ý chí quyết tâm hoàn thành tốt nhiệm vụ, đồng thời thiết lập mối quan hệ phối hợp nhịp nhàng với các đơn vị vũ trang, các lực lượng chức năng trong và ngoài lực lượng.

Ngoài vai trò là người giúp việc đắc lực cho Tư lệnh, Phó Tư lệnh còn thường xuyên trực tiếp kiểm tra, chỉ đạo công tác huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, tuần tra kiểm soát, tìm kiếm cứu nạn, xử lý các tình huống phức tạp trên biển như buôn lậu, gian lận thương mại, ngăn chặn vi phạm chủ quyền và phối hợp bảo đảm an ninh trật tự tại vùng biển của quốc gia. Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, Phó Tư lệnh luôn bám sát thực tiễn, gần gũi bộ đội để lắng nghe tâm tư, nguyện vọng của cán bộ chiến sĩ nhằm kịp thời động viên, tháo gỡ khó khăn, tạo khí thế phấn khởi và đoàn kết nội bộ, tăng cường sức mạnh tổng hợp của toàn lực lượng.

Bên cạnh đó, Phó Tư lệnh còn tham gia xây dựng chiến lược, kế hoạch và chỉ đạo thực hiện các chương trình nhiệm vụ trọng tâm của lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam trước những thách thức ngày càng đa dạng về an ninh, quốc phòng và đối ngoại trên biển. Họ cũng đóng vai trò đại diện lực lượng trong các hoạt động hợp tác quốc tế, diễn tập chung, chia sẻ kinh nghiệm với các nước bạn, qua đó góp phần xây dựng hình ảnh lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam chính quy, tinh nhuệ, hiện đại, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển đảo của Tổ quốc trong tình hình mới.